Librerie scritte in Nextflow
rnaseq
Pipeline di analisi del sequenziamento dell'RNA utilizzando STAR, RSEM, HISAT2 o Salmon con conteggio di geni/isoforme e controllo di qualità esteso.
- 646
- MIT
sarek
Pipeline di analisi per rilevare varianti germinali o somatiche (pre-elaborazione, identificazione delle varianti e annotazione) da WGS/sequenziamento mirato.
- 256
- MIT
configs
File di configurazione utilizzati per definire parametri specifici per gli ambienti di calcolo presso diverse istituzioni (tramite nf-core).
- 71
- MIT
GATK
Variante della linea germinale che chiama la pipeline Nextflow basata sulle migliori pratiche GATK4.
- 11