Librerie scritte in Nextflow

rnaseq

Pipeline di analisi del sequenziamento dell'RNA utilizzando STAR, RSEM, HISAT2 o Salmon con conteggio di geni/isoforme e controllo di qualità esteso.
  • 646
  • MIT

patterns

Una raccolta curata di modelli di implementazione di Nextflow (di nextflow-io).
  • 281
  • MIT

sarek

Pipeline di analisi per rilevare varianti germinali o somatiche (pre-elaborazione, identificazione delle varianti e annotazione) da WGS/sequenziamento mirato.
  • 256
  • MIT

chipseq

ChIP-seq peak-calling, QC e pipeline di analisi differenziale..
  • 149
  • MIT

atacseq

Pipeline ATAC-seq per l'identificazione dei picchi e l'analisi QC.
  • 142
  • MIT

mag

Assemblaggio e binning di metagenomi.
  • 134
  • MIT

eager

  • 96
  • MIT

configs

File di configurazione utilizzati per definire parametri specifici per gli ambienti di calcolo presso diverse istituzioni (tramite nf-core).
  • 71
  • MIT

rnaseq-nf

Una prova di concetto della pipeline RNAseq.
  • 53
  • Mozilla Public License 2.0

rare-disease-wf

(WIP) flusso di lavoro delle migliori pratiche per le malattie rare.
  • 51
  • MIT

hlatyping

  • 45
  • MIT

rnatoy

Una pipeline proof of concept RNA-Seq con Nextflow.
  • 28

GATK

Variante della linea germinale che chiama la pipeline Nextflow basata sulle migliori pratiche GATK4.
  • 11